Treći stupanj u pročišćavanju je dezinfekcija otpadnih voda i vrši se: kemijskim putem (kloriranjem) i izlaganjem ultraljubičastom (UV) zračenju. U današnje vrijeme kada su se izvori pitke vode drastično smanjili, čistoća vode nam je iznimno važna. Virusi, bakterije te njihove spore, ciste i drugi mikroorganizmi nalaze se svuda u prirodi, a tako i u vodi.